سنتز شیمیایی الیگونوکلئوتیدها با روش فاز جامد و با بهره‌گیری از شیمی فسفورامیدیت انجام می‌پذیرد. در این چرخه، نوکلئوتیدها گام‌به‌گام از انتهای '3 به سمت '5 روی بستر متخلخل سنتز سوار می‌شوند. هر سیکل شامل چهار گام پیاپی است: دپروتکشن، کوپلینگ، کپینگ و اکسیداسیون.

با وجود اینکه بازده کوپلینگ در سنتز مدرن عموماً بالای ۹۹٪ است، این مقدار هیچ‌گاه به ۱۰۰٪ نمی‌رسد. زنجیره‌هایی که در یک چرخه نوکلئوتید هدف را دریافت نکنند، وارد فاز کپینگ می‌شوند تا سنتز آن‌ها متوقف گردد. این قطعات که تحت عنوان زنجیره‌های کوتاه مقطوع (Failure Sequences یا n-1، n-2 و...) شناخته می‌شوند، همراه با نمک‌ها، حلال‌های آلی و محافظ‌های جانبی آزادشده، مخلوط اولیه محصول را تشکیل می‌دهند و نیاز به خالص‌سازی را ایجاد می‌کنند.

خالص‌سازی با روش نمک‌زدایی (Desalting)، گرید پایه پس از پایان سنتز الیگو است. در این شیوه معمولاً از ستون‌های ژل فیلتراسیون (Size-Exclusion) یا کارتریج‌های استخراج فاز جامد (SPE) استفاده می‌شود.

تمرکز اصلی Desalt، حذف نمک‌ها، یون‌های اضافی، حلال‌های باقیمانده و بافرهای چرخه سنتز است تا مانع از اثر مهاری آن‌ها بر فعالیت آنزیم Taq DNA Polymerase شود. با این حال، ستون‌های نمک‌زدایی قادر به جداسازی زنجیره‌های ناقص نوکلئوتیدی (مانند n-1) از الیگوی کامل (n) نیستند؛ زیرا اختلاف وزن مولکولی حاصل از یک باز، در ژل فیلتراسیون قابل تفکیک نبوده و درصد خلوص نهایی کاملاً وابسته به دقت سنتز اولیه است.

کروماتوگرافی مایع با کارایی بالا (HPLC) روشی دقیق برای تخلیص الیگوها محسوب می‌شود و در دو ساختار فاز معکوس جفت‌یاب یونی (IP-RP-HPLC) و تبادل آنیونی (AEX-HPLC) کاربرد دارد:

• فاز معکوس (RP-HPLC): در این ساختار، گروه آب‌گریز DMT موجود در انتهای توالی کامل به رزین ستون C18 متصل می‌ماند، در حالی که الیگوهای کوتاه کپ‌شده فاقد DMT به سرعت شسته و تخلیه می‌شوند. در پایان، با تغییر گرادیان بافر و حذف DMT، محصول کامل استحصال می‌گردد.

• تبادل آنیونی (AEX-HPLC): جداسازی بر مبنای بار منفی اسکلت فسفودی‌استر زنجیره انجام می‌شود. اختلاف بار ناشی از حتی یک نوکلئوتید کمتر (n-1)، زمان خروج متفاوتی در ستون ایجاد کرده و پیک خلوص کامل را جدا می‌سازد.

خلوص نهایی حاصل از HPLC عموماً بیش از ۸۵٪ تا ۹۵٪ است.

در بسیاری از تکنیک‌های روتین، حضور درصدی از زنجیره‌های ناقص اختلالی ایجاد نمی‌کند؛ زیرا پرایمرهای کامل به دلیل دمای اتصال ($T_m$) و غلظت مؤثرتر، اتصال اصلی را تشکیل می‌دهند.

کاربردهای مناسب Desalt:

• واکنش‌های معمول PCR: غربالگری کلنی و PCR روتین برای ردیابی باندهای ژلی.

• توالی‌یابی سنگر (Sanger Sequencing): استفاده از پرایمرهای استاندارد با طول ۱۸ تا ۲۲ باز.

• غربالگری‌های حجیم: پروژه‌های دانشجویی یا غربالگری با تعداد نمونه بالا جهت کنترل هزینه‌ها.

وجود حتی درصد ناچیزی از توالی ناقص در تست‌های حساس موجب نتایج کاذب و افت کیفیت می‌شود:

• پروب‌های Real-Time PCR (Dual-Labeled): پروب‌های تشخیصی نظیر TaqMan حاوی فلوروفور و کوئنچر هستند. استفاده از Desalt منجر به ورود رنگ‌های آزاد یا پروب‌های فاقد کوئنچر شده و سیگنال زمینه نویز را بالا می‌برد.

• کلونینگ و جهش‌زایی (Cloning & Mutagenesis): خطای n-1 در پرایمر مستقیماً به پلاسمید منتقل شده و پس از ترانسفورماسیون جهش تغییر چارچوب (Frameshift) ایجاد می‌کند.

• پرایمرهای طویل (بیش از ۳۵ نوکلئوتید): با بالا رفتن طول زنجیره، درصد تجمعی شکست‌های سنتز افزایش یافته و حذف آن‌ها تنها با HPLC ممکن است.

• الیگوهای مودیفای‌شده: اتصال گروه‌هایی مانند بیوتین، آمین، تیول یا فسفات در انتهای '5 یا '3 جهت حفظ خلوص عملکردی به HPLC نیاز دارد.